Pavel Koňárek je absolventem Janáčkovy akademie múzických umění v Brně v oboru dirigování sboru u Josefa Pančíka a v oboru dirigování orchestru u Jana Zbavitele. Od roku 1997 pracuje v Národním divadle Brno, nejprve jako asistent sbormistra, od roku 2000 jako sbormistr a v roce 2016 převzal po dlouholetém sbormistrovi Janáčkovy opery Josefu Pančíkovi funkci hlavního sbormistra. Se sborem Janáčkovy opery do současnosti nastudoval více jak padesát inscenací a podílel se na přípravě desítek dalších. S Národním divadlem Brno také vystupoval nejen v mnoha evropských městech, ale i na turné po Japonsku, v Ománu, v Hong Kongu, v Šanghaji nebo v Dubaji.

Od roku 1995 je uměleckým vedoucím a sbormistrem Akademického sboru Žerotín při Moravské filharmonii Olomouc. Pod jeho vedením sbor absolvoval přes tři sta koncertů doma i v Evropě, pravidelně účinkuje na renomovaných tuzemských hudebních festivalech, natáčel pro S-W Rundfunk Baden-Baden, firmu Vienna Modern Masters nebo pro Český rozhlas a stal se laureátem několika sborových soutěží.

Jako pedagog oboru dirigování sboru vyučuje na Katedře dirigování a operní režie Janáčkovy akademie múzických umění v Brně a pedagogicky působí i na Konzervatoři Evangelické akademie v Olomouci.