Myšlenka na založení symfonického orchestru vznikla ve Zlíně již ve dvacátých letech minulého století. Krátce po osvobození se vytvořil základ Symfonického orchestru n. p. Baťa.  První koncertní vystoupení orchestru se datuje 30. dubna 1946. Název orchestru v průběhu doby prošel několika změnami — od Symfonického orchestru n. p. Baťa přes Filharmonii pracujících až k názvu Státní symfonický orchestr kraje Gottwaldovského. Na začátku roku 1989 byl přejmenován na Filharmoniï Bohuslava Martinů. Postupně z něj vyrostl významný český orchestr, jehož umělecký profil utvářela řada vynikajících šéfdirigentů a stálých či hostujících dirigentů. Od sezony 2021/2022 je šéfdirigentem Robert Kružík. Koncertní činnost orchestru má v současnosti základ ve třech abonentních řadách, mimoto však orchestr vystupuje v množství dalších koncertů ve Zlíně i jeho regionu. Hostuje též ve všech významnějších centrech České republiky, zahraniční turné přivedla orchestr do Itálie, Dánska, Maďarska, Chorvatska, Řecka, Polska, Rakouska, Rumunska, Německa, Francie, Portugalska, Španělska, Ukrajiny a USA (Carnegie Hall). V roce 2016 vystoupila Filharmonie Bohuslava Martinů jako první český orchestr po 57 letech v Indii. Pravidelnou součástí činnosti orchestru je i spolupráce s rozhlasem a televizí a pořizování nahrávek na zvukové nosiče.