Myšlenka založit symfonický orchestr ve Zlíně se zrodila už ve dvacátých letech 20. století. Krátce po skončení války se tato vize začala naplňovat – základem se stal Symfonický orchestr n. p. Baťa, který poprvé veřejně vystoupil 30. dubna 1946.

Orchestr během let vystřídal několik názvů – od Symfonického orchestru n. p. Baťa přes Filharmonii pracujících až po Státní symfonický orchestr kraje Gottwaldovského. V roce 1989 získal své současné jméno: Filharmonie Bohuslava Martinů.

Během své historie se orchestr vyprofiloval jako jeden z předních českých symfonických těles. Uměleckou tvář mu vtiskla řada vynikajících šéfdirigentů i hostujících dirigentských osobností. Od sezony 2021/2022 stojí v jeho čele Robert Kružík.

Filharmonie Bohuslava Martinů dnes rozvíjí koncertní činnost v rámci tří hlavních abonentních řad, ale nechybí ani četná vystoupení ve Zlíně a jeho okolí. Pravidelně hostuje v předních koncertních síních po celé České republice.

Zahraniční turné zavedla orchestr do řady evropských i mimoevropských zemí – Itálie, Dánska, Maďarska, Chorvatska, Řecka, Polska, Rakouska, Rumunska, Německa, Francie, Portugalska, Španělska, Ukrajiny a dokonce i USA, kde vystoupil v prestižní Carnegie Hall. V roce 2016 se orchestr stal prvním českým tělesem, které koncertovalo v Indii po 57 letech.

Součástí aktivit orchestru je rovněž spolupráce s rozhlasem a televizí, stejně jako nahrávání hudby pro vydavatelství a další audiovizuální projekty.